Вся Байкальская рифтовая зона на протяжении почти двух тысяч километров от оз. Хубсугул до Чарской впадины отличается высокой сейсмичностью. Ежегодно здесь происходит до 2-3 тыс. землетрясений различной магнитуды. В конечном итоге и сама впадина озера Байкал образовалась в результате растяжения земной коры и подтока жидкой магмы близко к поверхности земли. Следы такой недавней вулканической активности мы видим в Тункинской впадине и на Окинском нагорье. Неотектонические движения на протяжении 20-25 млн. лет сформировали основной облик Байкальской впадины и ее дна.
К числу наиболее крупных подводных структур озера относится Академический хребет, протянувшийся от острова Ольхон к полуострову Святой нос.
Самое сильное землетрясение силой 9 баллов произошло в 1959 г. вблизи острова Ольхон. Новый удар подземной стихии в районе южного Байкала 27 августа 2008 г. снес печные трубы в большинстве домов в пос. Култук и вызвал в зданиях множество мелких разрушений. На подводных байкальских склонах эти толчки вызвали сползание глыбового материала. Таким же образом формируются крупноглыбовые россыпи вдоль всего западного склона впадины, особенно в районе Кругобайкальской железной дороги.
Наиболее ярко активная тектоническая деятельность в срединно-океанических хребтах на дне океанов проявляется в виде «черных курильщиков», подводных фумарол. На дне Байкала также обнаружены многочисленные следы недавней гидротермальной деятельности в виде разнообразных полых трубок рыжего оттенка высотой от первых сантиметров до полуметра и больше. Многочисленные воронки с оранжевой железистой оторочкой, из которых когда-то извергались струи горячих гидротерм, сегодня обживают гаммарусы и другие подводные жители.
Судя no снижению активной деятельности вулканов вдоль горных хребтов Восточного Саяна, можно предположить и затухание эндогенных процессов в других районах Байкальской рифтовой зоны. Вместе с тем повышенный тепловой поток в риф-товой зоне и многочисленные горячие источники в береговой полосе не оставляют надежд найти действующие классические подводные гидротермы в будущих экспедициях.
В ходе погружений в районе бухты Фролиха удалось провести масштабную геотермическую съемку специального полигона и определить размеры гидротермальных аномалий (более 2 кв.км). Обнаружен участок с экстремально высоким геотермическим градиентом (около 20 градусов Цельсия на 1 м). Выходы термальных вод оконтурены полями валунно-галечного материала с бактериальными матами. Эти ареалы сопровождаются активными биохимическими процессами, и в том числе за счет повышенного потребления кислорода.