Заповедник «Джергинский» - это комплекс уникальных геологических и водных объектов, своеобразных ландшафтов, очагов сосредоточения редких или находящихся на грани исчезновения видов растений и животных. Уникальным является само географическое положение заповедника, находящегося на границе северо-восточного Прибайкалья и северо-западного Забайкалья.
Уникальные водные объекты заповедника и его окрестностей:
Гаргинский источник
Источник находится в долине реки Гарга. Термальная зона источника извергается из трещин скал (пещеры сечением около 1 кв.к.) на правом склоне долины реки при выходе ее из Икатского хребта, на высоте около 100 м. Вода, стекая по ложбинке, образует отложения - травертины оригинальной формы. Температура воды - 74-75 градусов по Цельсию. По составу вода сульфатно-натриевая с содержанием радона от 35 до 43 эман. Кроме высоколечебных термальных свойств воды большую популярность источнику создают окружающий горный ландшафт с живописным густым лесом, здоровый чистый воздух и стремительная, горная Гарга со светлой прозрачной водой.
Аллинские источники
В 8 километрах к западу от села Алла расположены Аллинские источники. Здесь горячие воды с температурой от 55 до 77 градусов выходят на поверхность в долине реки Алла при выходе ее из Баргузинского хребта. Всего зафиксировано 46 выходов горячей воды сульфатно-гидрокарбонатного состава. Долина реки здесь троговая и моделирована древним ледником. При выходе из гор река прорезает коренные горелы и протекает в узких каньонообразных ущельях. Источники пользуются широкой известностью.
Умхейский источник
Умхейские источники выходят на земную поверхность в верховье р. Баргузин, на небольшом островке площадью оголо 8 га. Вода сульфатно-гидрокарбонатно-натриевая (температура 50 градусов по Цельсию). Один из наиболее прекрасных источников Баргузинской долины. Жизописные места источника открываются великолепным видом с горы на острог Умхей и северную часть Баргузинской долины.
Кучигерские источники
Характерная особенность этих источников - разные температурные условия воды от 21 до 75 градусов. Источники примечательны еще и тем, что термальные воды, проходя через рыхлые отложения и обогащая их сероводородом, создают значительные запасы лечебной сероводородной грязи. Запасы лечебной грязи обладают хорошими вязко-пластичными свойствами.
Сеюйский источник
Источник расположен в долине реки Баргузин в устьевой части р. Джирга на притоке р. Хахархай. Представляет собой небольшое озеро с лазурным дном. Вследствие постоянного выделения газа со дна озера создается впечатление, что озеро просто кипит. Вода в озере гидрокарбонатно-натриевая. Температура воды 35-37 градусов. Из всех природных достопримечательностей заповедника в особом ряду стоит пока eще мало исследованные озера Амутской котловины. Эти высокогорные озера уникальны по своему происхождению, гидрологическому режиму, а также по населяющим их организмам. Достаточно отметить обитание в них редких в Восточной Сибири видов беспозвоночных, рыб.
Уникальные зоологические и ботанические объекты заповедника.
Уникальны по своей значимости зоологические памятники. На Умхейских источниках обитает крупный паук доломедос, которого до сих пор не находили в других районах Бурятии. Пауки этого вида ведут скрытный образ жизни. Уникальна фауна чешуекрылых заповедника Отмечены черная медведица (Epatolmiscaesarea Goeze) и придворная медведица (Hyphoraia aulica L) - редкие в Забайкалье. Обктают такие великолепные бабочки, как махаон сибирский и аполлон восточный.
В фауне наземных позвоночных животных уникальны реликтовые, периферийные, «островные» изолированные популяции и «краснокнижные» виды.
Реликтовые популяции ужа и узорчатого полоза приурочены в условиях заповедника к термальным источникам. Самый северный предел распространения изолированней популяции дальневосточной квакши проходит по мелколиственным лесам югозападной части заповедника.
Под охрану заповедника взяты: гнездовья таких повсеместно редки птиц, как черный аист, беркут, орлан-белохвост, дербник гнезда, которые на территории заповедника были описаны ранее. Во время пролета, и зимой встречаются хищные птицы - кречет, сапсан. Все выше перечисленные виды как глобально, так к регионально редки, занесены в Красные книги МСОП, Российской Федерации и Бурятии.
Из млекопитающих интересны находки рукокрылых - бурого ушана и северного кожана, мало изученных и редких в регионе. Распространены они в верхней части Баргузинской котловины - в лесостепных участках. Выдра - редкий вид в заповеднике обитает в в верховьях реки Баргуузин, по его крупным притокам - Ковыли. Джирга, на озере Балан-Тамур. Нужно отметить изолированные небольшие популяции черношапочного сурка, обитающего на альпийских лугах к верховьях реки Баргузин. Лесной подвид северного оленя постоянно держится у Верхней гранцы леса и в высокогорных тундрах северной части Икатского хребта. Зимой на озерах Амут, Малан-Зурхен и Балан-Тамур фиксировались стада до 50-60 голов.
В заповеднике к настоящему времени выявлены места произрастания 18 видов редких и нуждающихся в охране сосудистых растений. Они произрастают в разных высотных поясах: в гольцовом, подгольцовом и верхней части лесного пояса-рододендрон Рядовского, рододендрон Адамса, мертензия мелкопильчатая, арктоус альпийский, карагана гривастая, жирянка холодная и обыкновенная, полушник щетинковидный, родиола розовая и четырехнадрезная; в лесном поясе - надбородкик безлистный, калипсо луковичная, лилия карликовая, башмачки - настояший, крупнопноцветковый, пятнистый, черемуха уединенная, чезения толокнянолистная, астрагал трехгранноплодный, которые включены в Красные книги МСОП, Российской Федерации, Бурятии.