Главные цели и задачи ФССОБ - поддержка масштабных научных проектов и проведение исследований, направленных на сохранение озера Байкал; выработка четких научно-практических рекомендаций на основе данных исследований; содействие разработке новейших экологически безопасных технологий и их промышленному внедрению; сохранение биологического разнообразия озера и Байкальского региона в целом.